Hệ thống APG III năm 2009 (không thay đổi từ hệ thống APG năm 1998 và hệ thống APG II năm 2003) công nhận họ này và đặt nó trong bộ Ranunculales thuộc nhánh eudicots (hai lá mầm thực sự).
Trong một số hệ thống phân loại cũ thì họ Berberidaceae chỉ chứa 4 chi (Berberis, Epimedium, Mahonia, Vancouveria), còn các chi khác được xếp vào các họ khác nhau như Leonticaceae (Bongardia, Caulophyllum, Gymnospermium, Leontice), Nandinaceae (Nandina) và Podophyllaceae (Achlys, Diphylleia, Dysosma, Jeffersonia, Podophyllum, Ranzania).
Mahonia là một chi có quan hệ họ hàng rất gần với chi Berberis, và một số nhà thực vật học gộp nó vào chi Berberis. Các loài của hai chi này có thể lai ghép với nhau, với các loại cây lai ghép cũng được phân loại trong chi lai ghép × Mahoberberis.
Phân chia dưới đây dựa theo số nhiễm sắc thể x = 6, 7 hay 8/10. Do Sinopodophyllum/Dysosma có quan hệ họ hàng gần với Diphylleia hơn là với Podophyllum[3] nên trong bài này sẽ tách riêng chúng ra để thể hiện rõ mối quan hệ phát sinh chủng loài, với Podophyllum chỉ còn lại 1 loài là Podophyllum peltatum.
- Podophylloideae Eaton: Số nhiễm sắc thể x = 6; gồm 8 chi, 75 loài.
- Achlys - 2 loài lá vani, chân hươu, ngọt ngào sau khi chết, một ở Mỹ, một ở Nhật Bản.
- Bongardia - 2 loài ở Bắc Phi, Hy Lạp, Trung Đông tới Pakistan.
- Epimedium (gồm cả Vancouveria) - khoảng 60 loài dâm dương hoắc.
- Jeffersonia (gồm cả Plagiorhegma)- 2 loài (Jeffersonia diphylla - lá kép, ở Mỹ và Jeffersonia dubia = Plagiorhegma dubium, tức tiên hoàng liên ở Trung Quốc và Đông Á).
- Nhóm Podophyllum
- Podophyllum - 1 loài (Podophyllum peltatum) ở đông nam Canada và đông Hoa Kỳ. Tên tiếng Anh: mayapple (táo ma), American mandrake (cà sâm độc Mỹ- không có quan hệ họ hàng gì với cà sâm độc của chi Mandragora), wild mandrake (cà sâm dại, cà gió dại), ground lemon (chanh đất).
- Diphylleia - 3 loài sơn hà diệp.
- Dysosma - 13 loài bát giác liên, theo tên gọi 八角莲 trong tiếng Trung. Hai loài ghi nhận có ở Việt Nam là bát giác liên/cước diệp với danh pháp Podophyllum versipelle nay là Dysosma versipellis và bát giác liên (độc diệp nhất chi hoa, cước diệp, pha mỏ, độc cước liên) với danh pháp Podophyllum tonkinense nay là Dysosma tonkinense.
- Sinopodophylum - 1 loài (Sinopodophyllum hexandrum = Podophyllum hexandrum = Podophyllum emodi = Dysosma emodi), một số tác giả như Võ Văn Chi gọi Podophyllum hexandrum là bát giác liên sáu nhị nhưng loài này không có ở Việt Nam, chỉ có ở khu vực ven Himalaya với tên gọi trong tiếng Trung của chi/loài này là quỷ cữu (鬼臼 - tức cối của quỷ).
- Nandinoideae Heintze: Số nhiễm sắc thể x = 8 (Caulophyllum và chị em) và 10 (Nandina); gồm 4 chi, 15 loài.
- Berberidoideae Kosteletzky: Số nhiễm sắc thể x = 7, gồm 2 chi, 601 loài.
- Berberis (gộp cả Mahonia, Odostemon)- hoàng liên gai (hoàng mù), hoàng mộc, tiểu bá, nghêu hoa, hoàng liên ô rô, thổ hoàng liên, thổ hoàng bá, thập đại công lao. Dạng cây gỗ.
- Ranzania. Dạng thân thảo.
